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Comparatif des Meilleurs Logiciels de Facturation: Guide pour TPE, PME & Indépendants

Découvrez les meilleurs logiciels de facturation 2025 (Axonaut, QuickBooks, Zoho, Henrri, etc.) pour TPE, PME et freelances. Gratuits, conformes Factur-X, simples à utiliser

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📆 Dernière mise à jour :

07/2025

◉ Points clés

Pour les entrepreneurs, auto-entrepreneurs, TPE, PME, et freelances en France, un logiciel de facturation est indispensable pour automatiser la création de factures, la gestion des devis, le suivi des paiements, et respecter la conformité légale (loi anti-fraude à la TVA, format Factur-X).

classement de G2 pour les logiciels de facturation

En 2025, avec l’obligation de la facturation électronique pour toutes les entreprises françaises (Impots.gouv.fr), des solutions comme Axonaut, QuickBooks, Zoho Invoice, Henrri, FreshBooks, Wave, et Xero se distinguent par leur interface intuitive, leur automatisation, et leur sécurité des données.

Qu’est-ce qu’un logiciel de facturation ?

Un logiciel de facturation est un outil numérique qui automatise la création de factures, la gestion des devis, et le suivi des paiements. Il garantit la conformité légale avec la loi anti-fraude à la TVA (article 88 de la loi de finances 2016) et le format Factur-X, obligatoire en 2025.

interface de quickbooks

Ces solutions offrent des tableaux de bord, des rapports financiers, des options de paiement en ligne, et des intégrations avec des outils comptables (ex. : QuickBooks, Sage) ou CRM (HubSpot), réduisant les erreurs et le temps consacré à l’administration. Elles permettent également l’archivage en ligne sécurisé des factures pendant 10 ans, conforme à la législation française.

Avantages d’utiliser un logiciel de facturation

Les logiciels de facturation offrent des bénéfices concrets pour les TPE, PME, et indépendants :

  • Automatisation : Génération de factures en un clic et relances automatiques pour les impayés, économisant jusqu’à 10 heures/mois (Appvizer).
  • Conformité légale : Respect des obligations de la loi anti-fraude à la TVA et du format Factur-X, garantissant des factures valides pour Chorus Pro (Impots.gouv.fr).
  • Suivi des paiements : Alertes pour les paiements en retard et synchronisation bancaire pour une gestion fluide.
  • Professionnalisme : Personnalisation des documents avec logo, couleurs, et mentions légales pour une image professionnelle.
  • Accessibilité : Solutions cloud pour un accès depuis n’importe quel appareil (PC, mobile).
  • Intégrations : Connexion avec des outils comme Stripe, PayPal, ou Sage pour une gestion commerciale complète.
Zoho Invoice - logiciel de facturation

Principales fonctionnalités des logiciels de facturation

Un logiciel de facturation performant doit inclure :

  • Création de factures : Modèles personnalisables avec mentions légales et format Factur-X.
  • Gestion des devis : Transformation rapide des devis en factures.
  • Suivi des paiements : Alertes pour impayés et intégration de paiements en ligne (Stripe, PayPal).
  • Rapports financiers : Tableaux de bord pour suivre le chiffre d’affaires, la TVA, et les dépenses.
  • Conformité légale : Respect de la loi anti-fraude à la TVA et RGPD pour la sécurité des données.
  • Intégrations : Connexion avec des outils comptables (Sage, QuickBooks) ou CRM (HubSpot, Zoho).
  • Archivage en ligne : Stockage sécurisé des factures pendant 10 ans.
  • Facturation multidevise : Idéal pour les freelances internationaux.

Meilleurs logiciels de facturation

Voici une sélection des meilleurs logiciels de facturation, intégrant Zoho Invoice, FreshBooks, QuickBooks, Xero, Wave, Axonaut, et Henrri, basée sur la simplicité, la conformité, et les avis utilisateurs (Capterra, Appvizer) :

🧾 Logiciel ⚙️ Fonctionnalités clés 💶 Prix (par mois) 🌟 Note ✅ Avantages ⚠️ Inconvénients 🎯 Idéal pour
Axonaut • Factures/devis & CRM
• Synchronisation bancaire
• Factur-X (norme française)
49,99 € HT/utilisateur ⭐⭐⭐⭐☆ (4,5/5) • Solution “tout-en-un” FR
• Interface intuitive
• Peu d’intégrations externes
• Tarif HT (TVA en sus)
TPE/PME françaises
FreshBooks • Facturation & devis
• Suivi du temps & dépenses
• Paiements en ligne
15 € ⭐⭐⭐⭐☆ (4,4/5) • Très simple d’usage
• Excellent suivi temps
• Peu adapté grands volumes
• Pas de multi-devises
Freelances & TPE
QuickBooks Online • Multi-devises & rapports
• Comptabilité complète
• Automatisations IA
15 € (Simple Start) ⭐⭐⭐⭐☆ (4,2/5) • Intégrations robustes
• Rapports avancés
• Courbe d’apprentissage
• Coûts montent vite
PME & freelances
Xero • Multi-devises & stocks
• Banques & facturation
• App Marketplace
13 € (Starter) ⭐⭐⭐⭐☆ (4,0/5) • Excellentes intégrations
• Gestion multi-devises
• Interface dense
• Support limité FR
PME & travailleurs internationaux
Wave • Facturation & devis
• Comptabilité basique
• Paiements intégrés
Gratuit (1 % frais carte) ⭐⭐⭐☆☆ (3,8/5) • Gratuit complet
• Conformité Factur-X
• Peu d’automatisations
• Support FR absent
Auto-entrepreneurs
Zoho Invoice • Plan gratuit illimité
• CRM basique
• Paiements en ligne
Gratuit / 9 € ⭐⭐⭐⭐☆ (4,6/5) • Très généreux
• Multilingue
• Support FR limité
• Moins de modules avancés
TPE & indépendants
Henrri • Facturation & devis
• Relances automatiques
• Factur-X conforme
Gratuit ⭐⭐⭐⭐☆ (4,5/5) • 100 % gratuit FR
• Très intuitif
• Peu d’évolutivité
• Pas de CRM intégré
Petites TPE & auto-entrepreneurs

Analyse : Henrri et Wave sont parfaits pour les auto-entrepreneurs grâce à leurs plans gratuits et leur conformité Factur-X. Axonaut et QuickBooks conviennent aux PME avec des besoins CRM et comptables. FreshBooks est idéal pour les freelances grâce à son suivi du temps. Xero excelle pour les entreprises internationales avec sa facturation multidevise (Capterra).

Logiciels gratuits et essais gratuits

QuickBooks Intuit - logiciel de facturation
  • Henrri : 100 % gratuit, illimité, avec Factur-X, relances automatiques, et personnalisation.
  • Wave : Gratuit pour la facturation, frais de 1 % par transaction pour les paiements en ligne.
  • Zoho Invoice : Plan gratuit (1000 factures/an, 1 utilisateur), essai 14 jours pour plans payants.
  • QuickBooks : Essai gratuit 30 jours, plan Simple Start à 10 €/mois.
  • FreshBooks : Essai gratuit 30 jours, dès 15 €/mois.
  • Xero : Essai gratuit 30 jours, dès 12 €/mois.
  • Axonaut : Essai gratuit 15 jours, dès 14 €/mois.

Astuce : Commencez avec Henrri ou Wave pour les TPE à petit budget, ou testez QuickBooks pour des besoins comptables avancés (Appvizer).

Adaptabilité à la taille de l’entreprise

🏢 Taille d'entreprise 🔧 Logiciels recommandés ✨ Pourquoi
Auto-entrepreneurs / TPE Henrri, Wave 100 % gratuits, interface ultra-simple
Freelances FreshBooks, Zoho Invoice Facturation multidevise & suivi du temps intégré
PME Axonaut, QuickBooks Online, Xero CRM natif, synchronisations bancaires & rapports avancés
Entreprises internationales QuickBooks Online, Xero Gestion multi-devises solide & analyse fiscale globale

Conformité à la loi anti-fraude à la TVA

Tous les logiciels listés sont conformes à la loi anti-fraude à la TVA (article 88 de la loi de finances 2016) et au format Factur-X, obligatoire en 2025. Ils incluent :

  • Mentions légales : Numéro SIRET, TVA, date d’échéance, et autres obligations.
  • Archivage sécurisé : Conservation des factures pendant 10 ans dans le cloud.
  • Factur-X : Format XML/PDF pour la facturation électronique, compatible avec Chorus Pro.

Comment choisir le bon logiciel ?

Hiveage  - logiciel de facturation
Hiveage - Top logiciels de facturation et de comptabilité

Pour sélectionner le logiciel adapté à votre entreprise :

  1. Identifiez vos besoins : Facturation simple (Henrri) ou gestion complète avec CRM (Axonaut).
  2. Vérifiez la conformité : Assurez-vous du respect de la loi anti-fraude à la TVA et Factur-X.
  3. Testez l’interface : Une interface intuitive est essentielle pour les non-experts. Ex. : Wave est plébiscité pour sa simplicité (Capterra).
  4. Considérez les intégrations : Connexion avec votre banque, comptabilité (Sage, QuickBooks), ou CRM (HubSpot).
  5. Évaluez les coûts : Comparez les plans gratuits (Henrri, Wave) et payants pour votre budget.

Conclusion

En 2025, les logiciels de facturation comme Axonaut, QuickBooks, Zoho Invoice, Henrri, FreshBooks, Wave, et Xero simplifient la gestion commerciale pour les TPE, PME, et indépendants. Henrri et Wave sont parfaits pour les auto-entrepreneurs grâce à leurs plans gratuits, tandis qu’Axonaut et QuickBooks conviennent aux PME avec des besoins CRM et comptables. Tous respectent la loi anti-fraude à la TVA et le format Factur-X, garantissant une conformité légale.

Facturation Multidevise : Gérer l'International Sans Casse-Tête

La facturation en devises étrangères devient incontournable dès que vous travaillez avec des clients internationaux. Voici comment bien vous équiper.

🌍 Pourquoi la facturation multidevise est-elle cruciale ?

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Scénario typique : Vous êtes consultant en marketing digital et facturez un client américain 5 000$ pour une mission. Sans outil adapté, vous devez :

  • Convertir manuellement en euros au taux du jour
  • Gérer les variations de change entre devis et paiement
  • Tenir une comptabilité complexe avec écarts de change
  • Risquer des erreurs de conversion coûteuses

Impact financier concret :Sur une facture de 5 000,unevariationde2, une variation de 2% du taux de change représente 100,unevariationde2 d'écart, soit environ 90€. Multipliez par le nombre de factures...

💱 Fonctionnalités indispensables pour la facturation multidevise

Gestion automatique des taux de change

💱 Fonctionnalité ⭐ Importance 💡 Exemple d’usage
Taux en temps réel ★★★ Facturation automatique au taux du jour (Xero, QuickBooks actualisent les taux en temps réel) :contentReference[oaicite:0]{index=0}
Historique des taux ★★★ Analyse des écarts sur 30 jours via NetSuite et Xero pour ajuster les marges :contentReference[oaicite:1]{index=1}
Taux fixe personnalisé ★★ Verrouillage d’un taux pour un projet de 6 mois dans Synergy ou Accelo pour éviter les fluctuations :contentReference[oaicite:2]{index=2}
Multi-devises simultanées ★★★ Émission d’une facture en € avec équivalent $ visible, supporté pour 160+ devises par Xero et Invoicera :contentReference[oaicite:3]{index=3}
Support illimité de devises ★★ Facturation en Naira, Dollar et Euro simultanément avec synchronisation automatique dans BigTime :contentReference[oaicite:4]{index=4}

Conformité fiscale internationale

Mentions obligatoires selon les pays :

  • Union Européenne : Numéro de TVA intracommunautaire obligatoire
  • États-Unis : Pas de TVA mais mentions spécifiques selon l'État
  • Canada : GST/HST selon la province
  • Royaume-Uni : VAT avec règles post-Brexit

🏆 Logiciels recommandés pour la facturation multidevise

Solutions complètes (PME/Entreprises)

Sellsy

  • Prix : 49€/mois et plus
  • Devises supportées : 150+ monnaies
  • Avantages : Taux de change automatiques, comptabilité intégrée
  • Parfait pour : Entreprises avec forte activité export

Zoho Invoice

  • Prix : 10€/mois (plan Pro)
  • Devises supportées : 100+ monnaies
  • Avantages : Interface multilingue, factures dans la devise client
  • Parfait pour : TPE/PME débutant à l'international

Solutions accessibles (Freelances/Auto-entrepreneurs)

🔧 Logiciel 💶 Prix/mois 💱 Devises 🎯 Spécialité
Tiime AE 12 € 10 principales 💱 Auto-entrepreneurs, simple
Facture.net 8 € 15 devises 💱 Interface française, support local
Wave Gratuit 20+ devises 💱 Comptabilité gratuite incluse

💼 Conseils pratiques pour optimiser votre facturation internationale

Stratégie de pricing intelligent :

  • Facturez dans la devise de votre client pour faciliter son paiement
  • Ajoutez une clause d'indexation sur les taux de change pour projets longs
  • Proposez un paiement rapide avec escompte pour réduire le risque de change

Exemple de clause contractuelle :"Les tarifs sont exprimés en EUR. En cas de variation du taux EUR/USD supérieure à 3% entre la signature du devis et la facturation, un ajustement pourra être appliqué."

Gestion des écarts de change :

  • Ouvrez un compte multi-devises chez votre banque
  • Utilisez des services comme Wise (ex-TransferWise) pour réduire les frais
  • Facturez rapidement après livraison pour limiter l'exposition au change

Logiciels de Facturation Spécialisés par Secteur d'Activité

Chaque métier a ses spécificités. Découvrez les solutions adaptées à votre secteur pour gagner en efficacité.

🔧 Services et Consulting

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Les consultants et prestataires de services ont des besoins particuliers :

  • Facturation au temps passé (timesheet)
  • Gestion de projets multi-phases
  • Facturation d'acomptes et situations
  • Suivi de la rentabilité par mission

Solutions recommandées :

Freebe (spécialisé freelances)

  • Prix : 0-29€/mois
  • Spécialités : Suivi temps, devis en ligne interactifs
  • Idéal pour : Consultants, graphistes, développeurs
  • Fonctionnalité unique : Signature électronique de devis intégrée

Sellsy (solution business complète)

  • Prix : 49€/mois et plus
  • Spécialités : CRM + facturation, gestion projets
  • Idéal pour : Agences, cabinets conseil
  • Fonctionnalité unique : Tableau de bord rentabilité par client

🛍️ E-commerce et Vente de Produits

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🎯 Besoin ⚠️ Problématique 🛠️ Solution logicielle
📦 Gestion stocks Décrémenter automatiquement Intégration WooCommerce / Shopify
🧾 Factures automatiques Volume important de commandes API de facturation automatisée
💰 TVA variable Produits multiples, taux différents Paramétrage TVA par catégorie
🚚 Livraisons Bons de livraison + factures Templates personnalisés

Logiciels dédiés e-commerce :

Dolibarr (open source)

  • Prix : Gratuit (hébergement à prévoir)
  • Avantages : Gestion complète ERP, personnalisable
  • Inconvénients : Installation technique, maintenance requise
  • Parfait pour : PME avec équipe IT, besoins sur-mesure

Sage Business Cloud Comptabilité

  • Prix : 25€/mois
  • Avantages : Comptabilité intégrée, conformité fiscale automatique
  • Parfait pour : Commerce traditionnel + en ligne

🏗️ BTP et Artisanat

excavator, heavy equipment, construction, heavy machinery, construction equipment, caterpillar, construction site, excavator, construction, construction, construction, construction, construction

Spécificités du secteur du bâtiment

Obligations réglementaires strictes :

  • Mentions obligatoires (qualification RGE, assurances, etc.)
  • Acomptes réglementés (30% maximum avant commencement)
  • Retenue de garantie (5% sur travaux publics)
  • Factures de situation pour chantiers longs

Solutions spécialisées BTP :

🔧 Logiciel 💸 Prix (HT/mois) 🏗️ Spécialité BTP 🌟 Avantages uniques
Obat 25 €
(Micro-entreprise)
Devis, facturation & gestion de chantiers 🎤 Devis vocaux
📱 Application mobile & web
🛠️ Support gratuit 6j/7
⭐ Bibliothèque de 30 000 ouvrages
Gescant 183,33 €
HT/an (~15,28 €/mois)
Suivi & facturation de chantier 📊 Avenants & sous-lots
📜 Décompte Général Définitif (DGD)
🔄 Télémaintenance & MAJ incluses
🖥️ Mac & PC
Batappli 39 €
(Devis)
Chiffrage, facturation & suivi chantier 📚 Bibliothèque BatiChiffrage intégrée
🖊️ Signature électronique
📆 Planning & gestion des interventions
📲 Application mobile native

🩺 Professions Libérales Réglementées (Médecins, avocats, experts-comptables)

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Contraintes spécifiques :

  • Respect de la déontologie professionnelle
  • Tarifs conventionnés (médecins)
  • Facturation d'honoraires avec TVA spécifique
  • Secret professionnel et RGPD renforcé

Solutions adaptées :

Cabinet médical - Resto'Logic

  • Prix : 25€/mois par praticien
  • Spécialités : Télétransmission SESAM-Vitale, tiers payant
  • Conformité : Hébergement agréé données de santé (HDS)

Cabinet juridique - LexisNexis Fakteo

  • Prix : Sur devis (≈ 60€/mois)
  • Spécialités : Facturation honoraires, provisions sur frais
  • Avantages : Intégration logiciels juridiques métier

🎨 Secteurs Créatifs et Artistiques (Photographes, designers, artistes)

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Besoins particuliers :

  • Facturation de droits d'usage et licences
  • Gestion des cessions de droits d'auteur
  • TVA sur droits d'auteur (règles spécifiques)
  • Portfolios intégrés pour présentation

Solutions créatives :

Invoice Ninja

  • Prix : 10€/mois (version pro)
  • Avantages : Templates personnalisables, multi-entreprises
  • Parfait pour : Freelances créatifs, agences design

Debitoor (aujourd'hui SumUp)

  • Prix : 12€/mois
  • Avantages : App mobile optimisée, scan de reçus
  • Parfait pour : Nomades digitaux, créatifs en déplacement

🍽️ Restauration et Commerce de Proximité

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Contraintes réglementaires :

  • Loi anti-gaspillage (doggy bag obligatoire)
  • Affichage des allergènes
  • TVA restaurant (10% vs 20% selon service)
  • Caisse enregistreuse certifiée obligatoire

Solutions métier :

🔧 Solution 💸 Prix/mois 🏷️ Spécialité 🔌 Intégration paiement 📱 Plateformes 🚀 Fonctions clés ⭐ Note
Lightspeed Restaurant 69 €
Essentials
+14 jrs essai
🍽️ Restaurant complet SumUp, Stripe, Yavin, Adyen iPad, Android, Windows, Mac • Gestion de tables & menus
• KDS & commandes à table
• Mode offline & sync cloud
• Rapports avancés & fidélité
⭐⭐⭐⭐☆ 4,2/5
Melkal 39 €
+ Matériel garanti 4 ans
90 jrs gratuit
☕ Bar & café TPE intégré, Apple Pay, Google Pay Web, iOS, Android, PC • Tickets SMS / email démat
• Gestion stocks & fidélité
• Impression instantanée multi-appareils
• NF525 & attestation fiscale
⭐⭐⭐⭐☆ 4,5/5
Clyo Systems 25 €
Logiciel seul
Certifié NF525
🛍️ Commerce de proximité CB via Zettle, QR codes Windows PC, Android • Encaissement & multi-TVA
• Gestion stock & inventaire
• Multi-établissements & livraisons
• Dashboard CA & fidélisation
⭐⭐⭐⭐☆ 4,0/5

🎯 Comment choisir selon votre activité

Méthodologie en 4 étapes :

  1. Identifiez vos contraintes réglementaires (TVA, mentions obligatoires, etc.)
  2. Listez vos besoins métier spécifiques (gestion stock, suivi temps, etc.)
  3. Évaluez votre budget et vos compétences techniques
  4. Testez 2-3 solutions avec leur version d'essai gratuite

Questions à vous poser :

  • Mon secteur a-t-il des obligations légales particulières ?
  • Ai-je besoin d'intégrations avec mes outils existants ?
  • Quelle est ma fréquence de facturation ? (quotidienne vs mensuelle)
  • Mon équipe est-elle à l'aise avec les outils numériques ?

Le bon logiciel est celui qui s'adapte à VOS processus métier, pas l'inverse !

Avis Final

Les outils de facturation vous aident à générer des devis et factures correctes, à automatiser les rappels, à vous connecter à votre logiciel de comptabilité et à rester en contact avec vos clients.

Il est essentiel de faire le bon choix en fonction de vos besoins.

Par exemple, si vous êtes un freelance ou si vous dirigez une petite entreprise, vous pouvez opter pour des solutions économiques comme ZipBooks ou Wave. 

Toutefois, si vous souhaitez un outil un peu plus évolué et doté de fonctionnalités avancées, vous pouvez choisir Freshbooks, dont le prix d'abonnement est raisonnable.

Si vous recherchez un logiciel de facturation gratuit, tournez-vous vers le logiciel Zoho Invoice (ou facture.net)

FAQ

Quel logiciel est le meilleur pour un auto-entrepreneur ?

Henrri et Wave sont idéaux grâce à leurs plans gratuits et leur conformité Factur-X, parfaits pour les petits budgets (Henrri).

Les logiciels sont-ils conformes à la facturation électronique 2025 ?

Oui, tous les logiciels listés (Axonaut, QuickBooks, Zoho Invoice, etc.) respectent la loi anti-fraude à la TVA et le format Factur-X (Impots.gouv.fr).

Puis-je utiliser un logiciel gratuit pour une PME ?

Wave ou Zoho Invoice offrent des plans gratuits, mais pour des besoins CRM ou rapports avancés, Axonaut ou QuickBooks sont plus adaptés (Appvizer).

Quels logiciels supportent la facturation multidevise ?

QuickBooks, Xero, et FreshBooks permettent de facturer en plusieurs devises, idéal pour les freelances internationaux (Xero).

Comment tester un logiciel avant de payer ?

La plupart offrent des essais gratuits : QuickBooks (30 jours), FreshBooks (30 jours), Axonaut (15 jours), Zoho Invoice (14 jours) (Capterra).

Les logiciels intègrent-ils des paiements en ligne ?

Oui, Wave, Zoho Invoice, FreshBooks, et QuickBooks intègrent Stripe et PayPal pour des paiements rapides (FreshBooks).

Quel logiciel pour une gestion complète (factures + CRM) ?

Axonaut et QuickBooks offrent des intégrations CRM robustes, idéales pour les PME (Axonaut).

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